Северо-Восточное викариатство образовано решением Священного Синода от 27 декабря 2011 г. (журнал № 154) в пределах Северо-Восточного административного округа г. Москвы.

Распоряжением Святейшего Патриарха Кирилла от 31 декабря 2011 г. управление Северо-Восточным викариатством было поручено епископу Подольскому Тихону.

Распоряжением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла от 9 января 2018 года епископ Подольский Тихон в связи с назначением управляющим Берлинско-Германской епархией (постановление Священного Синода от 28 декабря 2017 года, журнал № 116) освобожден от управления Северо-Восточным викариатством. Управляющим Северо-Восточным викариатством назначен епископ Домодедовский Иоанн.

Распоряжением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла от 27 июля 2018 г. епископ Домодедовский Иоанн освобожден от управления Северо-Восточным викариатством. Управляющим Северо-Восточным и Западным викариатствами назначен архиепископ Егорьевский Матфей.

Распоряжением Святейшего Патриарха Кирилла от 11 июня 2019 г. архиепископ Егорьевский Матфей освобожден от управления Западным викариатством с выражением благодарности за понесенные труды, с сохранением за ним Северо-Восточного викариатства. Распоряжением Святейшего Патриарха Кирилла от 16 июля 2019 г. архиепископ Егорьевский Матфей назначен управляющим Юго-Восточным викариатством, с оставлением в должности управляющего Северо-Восточным викариатством.